Q. PDF/VT-2印刷をするとき、複数のVDPファイルセットを用途によって使い分けることはできますか?

A. はい、できます。

SMB共有フォルダーのpdfvt2直下に任意のサブフォルダーを作成して、まとめることができます。
詳しくは、ジョブ(PDF/VT-2)をインポートするをごらんください。